Hra se odehrává ve dvou dějových liniích, v roce 1191, v období 3. křížové výpravy, a také v současnosti nebo „současné budoucnosti". Začínáte jako Desmond, lupič a barman, který byl zajmut organizací, aby z jeho DNA pomocí přístroje Animus získali cenné informace, jelikož jeho předek byl obávaný zabiják Altair, který žil v období 3. Křížové výpravy.
Nejprve si ve „virtuálním prostoru" seznámíte se základními prvky a ovládáním hry. V první misi se o Altairovi dozvíme něco více, že má v řádu Assassínů vysoké postavení a také kdo jsou největšími nepřáteli. Hned první mise a hned se nám to vymkne z rukou! A jak se říká, jáký si to uděláš, takový to máš. Od začátku je nám odebrána celá výbava i naše postavení a jsme vůbec rádi, že jsme přežili. Po celou dobu hry se nám zvyšuje synchronizace DNA, dostáváme výbavu zpět. Někdy jsme však obdrženou výbavou vcelku dost zklamáni, protože k čemu nám budou nový boty nebo rukavice? Je sice pravda, pády nám budou ubírat méně zdraví, ale k čemu mi to je, když jsem ve hře předtím taky přežil?
